申请软件应用专利的流程及所需材料如下：
软件著作权申请
准备材料：包括著作权申请表、软件设计说明书、源代码、申请书（盖章）、营业执照副本（盖章）、承诺书（盖章）。
提交申请：将上述材料邮寄或面交至版权局进行审核并支付相关费用，然后等待取证。
软件测试
准备材料：包括测试评价委托申请表、用户手册、软件设计说明书、软件包（刻盘）。
提交测试：将上述材料提交给计算机软件测评重点实验室，并约定测试时间和方式进行测试。测试完成后付款，等待测试报告。
软件产品登记
准备材料：包括网上填写的申请书、营业执照副本、组织机构代码证、软件测试报告、著作权证书。
提交登记：将上述材料提交给当地的软件产品登记机构进行审核。审核成功后，打印申请书（需盖章），再次提交登记机构审查。经批准后等待发证，最后去办事大厅领取证书（需付费）。
建议
提前查询：在申请前进行专利查询，避免与在先申请的专利权利相同或相近，确保所申请的专利是有效的。
详细准备：确保所有材料齐全且符合要求，特别是源代码和说明书需要详细填写并标明页码。
及时跟进：在提交申请后，及时跟进审查进度，确保按时完成每一步骤，避免因材料缺失或延误而影响申请结果。