在软件项目合同中，如果发生违约，赔偿方式通常包括以下几种：
违约金
违约方可以根据合同约定向守约方支付一定数额的违约金。违约金的金额和计算方式通常由双方当事人自由协商确定，但如果约定的违约金过高或过低，可以请求法院或仲裁机构适当调整。
损失赔偿
如果违约金不足以弥补守约方的实际损失，守约方可以要求违约方赔偿因违约所造成的全部损失，包括合同履行后可以获得的利益，但赔偿额不得超过违约一方订立合同时预见到或应当预见到的因违约可能造成的损失。
返还研究开发经费
在某些情况下，如开发人将研究开发经费用于履行合同以外的其他目的，或开发成果不符合合同约定条件，开发人可能需要返还部分或全部研究开发经费，并支付相应的违约金或赔偿损失。
补救措施
委托人有权要求违约方采取补救措施，如继续履行合同义务或实施研究开发计划，以减轻或消除违约行为造成的影响。
赔偿责任的确定
赔偿责任的确定通常基于守约方实际遭受的损失，包括直接损失和间接损失。赔偿额的计算可以参照银行同期贷款利率，并综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素。
建议
在签订软件项目合同时，建议双方当事人明确约定违约金的金额和计算方式，并充分考虑可能出现的各种违约情况及其对应的赔偿措施。同时，建议在合同中增加一条关于违约责任的兜底条款，以应对可能出现的新情况和新问题。在合同履行过程中，双方应本着诚信原则履行合同义务，尽量避免违约行为的发生。