软件企业在计算研发费用加计扣除时，主要遵循以下步骤和规定：
确定研发费用
研发费用是指企业为研发软件项目所支付的所有费用，包括但不限于人员工资、设备购置费、材料费、试验费、差旅费、会议费、国际合作费、知识产权事务费、专利申请和代理费、咨询费、评估费、审计费等。
确定研发费用加计扣除比例
国家规定的研发费用加计扣除比例约为25%。
对于某些特定类型的研发费用，如符合国家规定的技术开发费用，最高可以加计扣除15%。
对于符合国家规定的改善研发费用，最高可以加计扣除10%。
计算加计扣除额
研发费用加计扣除额的计算公式为：研发费用加计扣除额 = 研发费用 × 研发费用加计扣除比例。
例如，如果企业投入的研发费用为100万元，研发费用加计扣除比例为25%，则研发费用加计扣除额为100万元 × 25% = 25万元。
注意事项
研发费用总额不得超过企业当期应纳税所得额的30%。
未投入使用的研发费用不予加计扣除。
具体计算流程
首先，企业需要按照国家规定计算出所有符合条件的研发费用支出总额。
然后，将加计扣除的支出总额加到企业当期的应纳税所得额中，得到加计扣除后的应纳税所得额。
最后，根据加计扣除后的应纳税所得额计算应缴纳的企业所得税。
建议
企业在进行研发费用加计扣除的计算时，应仔细核对各项费用是否符合国家相关规定，确保所有费用均属于可加计扣除的范围，并按照规定的比例进行计算。同时，企业应妥善保存相关凭证和资料，以备税务机关审查。