升级大众ID3车机系统的方法如下：
回店升级
驾驶一汽-大众ID时，厂家会通知回4S店进行升级。如果没有接到通知，则不需要升级，只要车辆能够正常行驶即可。
自己刷机
可以通过U盘自行刷入新的车机系统版本。具体的版本号可能因车辆而异，但一般来说，可以从1516、2820、2914、2930、2949、2959、2963、2974等版本进行刷入。这些版本号代表了不同的系统升级包。
注意事项：
U盘格式：确保U盘格式为FAT32。
车钥匙放置：在升级过程中，车钥匙需要提前放在中控台。
USB口U盘：如果使用USB口连接U盘，请使用type-c转换器。
升级过程中：在升级过程中不要拔掉U盘，直到系统提示升级成功后再拔掉U盘，并锁车20分钟以上。
通过以上步骤和注意事项，你可以选择回店升级或自行刷机来更新大众ID3的车机系统。建议根据个人情况和实际需求选择合适的升级方式。