企业在使用开票软件开具发票后，需按照以下步骤进行缴税：
自动扣缴
若发票中包含税额，系统会自动进行税额的扣税。这一过程是通过税务系统与银行系统的连接实现的，确保税款的及时扣缴。企业无需手动操作，销项税额会自动计算并从企业的账户中扣除。
税务申报
一般纳税人在税务申报时，需填报应缴纳的税款金额。该金额根据企业当期的销售额和进项税额计算得出。税务系统会自动核对企业的申报数据，并计算出实际应缴纳的税款金额。
抄税与报税
每月初，企业需要登录开票软件（如税控盘、金税盘或税务UKey）进行抄税，将上月开票数据传输到电子税务局。然后，登录增值税发票综合服务平台认证进项发票，并在申报客户端进行报税。最后，进行清卡操作。
电子税务局申报及缴纳
企业在电子税务局进行三方协议备案后，可以直接从企业银行账户划转税款。此外，企业办税人员也可以到税务服务大厅刷卡、转账或使用微信支付完成缴税。
银行划款
银行根据申报应缴税金数额从企业账户中划转申报税金金额至国库，完成缴税。
建议企业确保会计系统正确配置税务信息，并按时完成上述步骤，以保证税款的正确计算和及时缴纳。