软件企业在考核分公司时，可以采取以下方法：
制定考核指标体系
资产利用率：反映分公司的资产利用程度。
营业收入：反映分公司的业务规模。
利润总额：反映分公司的盈利状况。
客户满意度：反映分公司在客户心目中的形象和服务质量。
员工满意度：反映分公司的企业文化和员工福利待遇。
绩效考核：反映分公司的绩效和管理水平。
考核指标体系需要结合不同分公司的业务特点和业绩情况，根据实际情况进行调整和优化，确保指标科学、全面、具有代表性。
实施考核机制
考核周期：每年进行一次，对上一年度的业绩进行考核。
考核组成人员：由总部、分公司和第三方机构组成，人员具有相关的专业知识和业务背景。
考核标准：按照考核指标体系进行评估，对各分公司的业绩进行打分。
考核方式：实行不同等级的考核机制，按照成绩对分公司进行评级，并制定相应的奖惩措施。
激励机制设计
奖励机制：为分公司员工开展业务拓展、客户服务和建设创新等提供一定的奖励。
年度卓越奖：对业绩优秀的分公司进行表彰，增强分公司集体荣誉感和凝聚力。
优惠政策和支持：向业绩优秀的分公司提供优惠政策和支持，鼓励他们继续发挥优秀的业务和管理水平。
监督和反馈机制
定期对分公司的客户进行调查，了解他们的需求和意见。
根据调查结果对各个分公司的客户满意度进行排名和评估。
根据分公司提供的营销数据对其进行评估，深入了解分公司的营销策略和团队，对其进行更全面的评估。
通过以上方法，软件企业可以全面、客观地评估分公司的业绩，激励分公司不断提升业务能力和管理水平，从而实现公司的整体战略目标。