处理软件转包中的违章行为，可以采取以下措施：
责令改正：
对于发现的软件转包违章行为，相关部门会首先责令承包单位改正其违法行为，要求立即停止转包行为，并按照规定进行整改。
没收违法所得：
对于违法转包所获得的收益，相关部门会依法予以没收，以消除违法行为带来的不当利益。
并处罚款：
除了没收违法所得外，相关部门还会根据违法行为的严重程度，对承包单位处以罚款。罚款的金额和比例会根据具体情况而定。
责令停业整顿：
对于情节严重的违法转包行为，相关部门可以责令承包单位停业整顿，暂停其业务活动，进行全面的整顿和改进。
降低资质等级：
在情节严重的情况下，相关部门还可以根据法律规定，降低承包单位的资质等级，限制其从事相关业务的资格。
吊销资质证书：
若违法转包行为特别恶劣，造成严重后果，相关部门可以吊销承包单位的资质证书，使其失去从事相关业务的资格。
承担连带赔偿责任：
若因转包工程不符合规定的质量标准造成损失，承包单位需与接受转包的单位承担连带赔偿责任，赔偿因违法行为给他人造成的损失。
建议承包单位严格遵守相关法律法规，规范自身行为，避免因违法转包而受到严厉处罚。同时，对于发现的违法转包行为，应及时向相关部门举报，以维护市场秩序和公平竞争。