计算机软件付费合法的方式主要包括以下几点：
软件著作权登记
若申请软件著作权登记，需要按照国家版权局会同国务院价格主管部门规定并公布的缴费标准，通过邮局、银行汇付，或直接前往中国版权保护中心缴费。
制定费用方案
根据许可范围，开发商需要制定相应的费用方案，费用因素包括购买费用、维护费用、使用有效期限等。
确定软件维护和支持的内容
开发商需要确定软件的维护和支持内容，包括维修服务、升级服务、咨询服务等，并明确这些服务的责任和权利。
确认法律责任
开发商需要制定合理的法律责任条款，以维护自身的知识产权和版权，同时确保用户对软件使用的责任和义务。
通过以上步骤，可以确保计算机软件付费的合法性，并保护软件开发者的权益。建议在实际操作中，详细遵循相关法律法规，并与专业法律人士咨询，以确保合规性。