合作开发的软件进行著作权登记，可以遵循以下步骤：
确定代表
全体著作权人可以协商确定一名著作权人作为代表办理著作权登记。
提交申请文件
代表需要向中国版权保护中心提交以下材料：
按要求填写的软件著作权登记申请表。
软件的鉴别材料，包括源程序和文档的鉴别材料。
相关的证明文件，如身份证明、著作权归属书面合同或项目任务书、原著作权人的许可证明、权利继承、受让或承受的证明等。
审查与登记
版权保护中心对提交的材料进行初步审查，审查通过后受理登记。
版权保护中心进行复审，审查通过后公告发证。
领取证书
公告后，代表可以领取软件著作权登记证书。
建议
提前准备：确保所有必要的材料都提前准备齐全，避免因材料缺失而延误登记流程。
协商一致：尽量在提交申请前全体著作权人达成一致，确定代表，以减少后续的麻烦。
详细填写：在填写申请表和提供材料时，务必详细、准确地填写所有信息，确保信息的真实性和完整性。
通过以上步骤，合作开发的软件可以顺利完成著作权登记，从而保护开发者的合法权益。