软件一类的案子可以通过以下步骤进行鉴定：
接受委托
司法鉴定机构（第三方软件造价机构）收到由委托人出具的鉴定委托书，明确委托事项和鉴定要求。
双方签订《软件工程司法鉴定协议书》，明确权利和义务。
需求调研
第三方软件造价机构根据获取的文件材料，了解委托人需求，制订鉴定方案。
包括鉴定的依据、采用的标准、案情调查的工作内容等。
鉴定实施
使用适用于软件造价的方法对存在争议的项目进行鉴定，如功能点法、专家经验法等。
在委托人组织下或经委托人同意，第三方软件造价机构会同各方当事人共同到达现场，进行观察、查勘、检验以及收集证据的活动。
鉴定意见出具
第三方软件造价机构在完成鉴定后，出具鉴定意见书，明确、具体、规范、具有针对性和可适用性。
鉴定报告是鉴定过程和结果的书面表达形式，包括文字、数据、图表和照片等。
鉴定实行鉴定人负责制度，第三方软件造价机构对鉴定意见负责。
第三方软件造价机构出庭
如有必要，第三方软件造价机构可能需要出庭接受质询，解释鉴定过程和结果。
此外，针对计算机软件侵权的鉴定，还可以采用以下方法：
文件校验
对嫌疑软件与正版软件进行MD5等文件校验，判断是否一致。
文件对比
对比嫌疑软件与正版软件的文件管理结构、文件数目、名称、类型、属性等。
对比运行界面、运行流程、功能设置和作用、处理结果等。
源代码对比
如果有嫌疑软件的源代码，可以与原系统的源代码进行对比，判断相同程度。
如果嫌疑软件无源代码，可以通过反编译等方法进行对比。
实质性相似加接触分析法
对比两项程序之间的形式与内容是否相似，是否存在实质性相同。
考察代码相似性、逻辑设计相似性、程序的“外观与感受”相似性。
证明被告接触过原告的软件行为。
抽象过滤比较分析法
通过抽象、过滤和比较的方法，分析被告软件中的结构顺序和组织，判断是否侵犯了原作的著作权。
技术取证
利用专业软件分析工具，对涉嫌侵权的计算机系统进行深入分析，确定是否存在未经授权的软件使用。
包括软件指纹分析、系统日志审查、注册表检查、内存镜像分析、网络流量分析、软件使用行为分析等。
行政查封
在发现侵权行为时，权利人可以向有关行政部门报告，请求其介入调查并采取查封措施，防止证据被销毁或转移。
通过以上步骤和方法，可以对软件案子进行全面的鉴定，确保鉴定结果的准确性和公正性。