软件开发商在处理违章建筑问题时，应当遵循以下步骤和原则：
及时举报
一旦发现违章建筑，软件开发商应立即向相关规划局等主管部门举报，并提供详细的违章情况和相关证据。
配合调查
相关部门在接到举报后，将进行调查，并可能要求开发商提供更多的信息和材料。开发商应积极配合，确保调查工作的顺利进行。
依法处理
根据调查结果，相关部门会给出处理建议，可能包括拆除违章建筑、补办手续等。开发商应严格按照这些建议执行，承担相应的法律责任。
寻求专业法律咨询
如果违章建筑问题较为复杂或严重，建议开发商寻求法律援助或专业咨询，以确保自身行为的合法性和有效性。专业律师或相关法律机构可以提供具体的法律意见和解决方案。
遵守法律程序
在处理违章建筑过程中，开发商应遵守相关法律法规，如《建筑法》等，确保所有程序合法合规。这包括公告、限期拆除、行政复议或诉讼期限的等待，以及最终的强制拆除执行。
承担相应责任
开发商在承担工程质量责任的同时，如果涉及违章建筑，可能需要承担相应的法律责任。这包括建筑工程总承包单位、分包单位、设计单位和施工企业的连带责任。
考虑拆迁补偿
如果违章建筑最终需要被拆除，开发商应了解是否有相应的拆迁补偿政策，并按规定申请和获取补偿。这有助于减轻经济损失，并确保合法合规地处理违章建筑问题。
通过以上步骤，软件开发商可以妥善处理违章建筑问题，避免潜在的法律风险和经济损失。