OLEX软件的操作主要包括以下几个步骤：
安装与启动
安装：请参照Olex2官方文档进行安装。
启动：打开Olex2软件，您将看到主界面。在主界面中，单击“File”菜单，选择“NewProject”，然后选择一个合适的位置保存您的项目。
基本操作
创建新项目：在新建的文件夹中，双击“Olex2.exe”可执行文件，启动Olex2。在主界面中，单击“File”菜单，选择“NewProject”，然后选择一个合适的位置保存您的项目。
导入分子结构：在项目中，单击“File”菜单，选择“Open”，然后选择一个分子文件（例如：PDB或CRD格式）导入分子结构。
编辑分子结构：导入分子结构后，您可以使用以下功能进行编辑：
“Edit”菜单：用于编辑原子、bonds、groups等。
“Build”菜单：用于创建新的分子片段或操作已有的分子片段。
“View”菜单：用于调整分子视图。
计算结构属性：在分子结构编辑完成后，您可以使用“Analyze”菜单进行结构属性计算，例如：原子电荷、分子偶极矩等。
保存与输出：单击“File”菜单，选择“Save”保存项目。单击“File”菜单，选择“Export”，然后选择导出格式（如：PDB、CRD等）。
高级操作
分子动力学模拟：单击“Simulation”菜单，选择“MD”或“MC”进行分子动力学模拟。根据需要设置模拟参数，然后开始模拟。
自由能计算：单击“Simulation”菜单，选择“FreeEnergy”进行自由能计算。根据需要设置计算参数，然后开始计算。
结构优化：在分子结构编辑完成后，您可以使用“Refine”功能进行结构优化。在Work窗口下展开Refine栏，在Program下拉菜单设置精修执行程序，对于一般结构选择ShelXL即可，方法选择Least。
文件操作
打开res文件：可以使用mercury、OLEX、xp、wingx等软件打开res文件。
添加原子和通道：通过记事本打开res文件，添加原子名称、个数及坐标，然后保存。通过改变原子和键的大小，得到合适的比例，并可以添加通道。
这些步骤涵盖了OLEX软件的基本操作和高级功能，帮助您有效地使用该软件进行分子结构分析和操作。