软件合同备案的流程如下：
申请用户密码
需要去技术市场登记处办理，带上公司执照复印件和申请表进行现场办理，以获取用户名和密码。
网上申报
登录全国技术合同网上登记系统，选择合同卖方，凭登录ID和密码录入签订的技术合同，填写申请合同的详细信息，并逐项完成后提交。
材料报送
准备好相关合同及其附件的原件和复印件，包括：
技术开发合同2份（可一份原件、一份复印件）及相应的技术方案1份；
技术服务合同2份（可一份原件、一份复印件）；
技术转让合同2份（可一份原件、一份复印件）及著作权复印件1份。
备案成功
提交所有材料后，技术合同登记机构会进行审查，确认合同属于技术合同并符合相关规定后，发给当事人技术合同登记证明。
核定收入
备案成功后，需要填写核对收入表格，并按照要求提供发票复印件及原件，最后带上公章、财务章、法人人名章进行现场盖章。
建议：
在进行软件合同备案前，务必仔细阅读相关法律法规，确保合同内容合规合法。
提前准备好所有必要的文件和材料，确保提交过程顺畅。
选择离自己最近的登记机构进行网上申报和材料报送，以节省时间和精力。