保护软件著作权可以通过以下方法：
注册软件著作权
在软件开发完成后，应尽早进行软件著作权登记。著作权登记不仅为企业提供法律保护，还可以在发生纠纷时作为有力的法律证据。
保留版权声明
在作品上注明作者姓名、作品名称以及版权声明，以保护作品著作权。
签订合同
与出版社、影视公司等合作时，需要签订合同，明确双方的权利和义务，防止版权被侵犯。
技术保密
对于软件底层的程序代码和上层的设计思想，可以采取商业秘密保护，避免泄露给竞争对手。
法律维权
在发生软件侵权纠纷时，软件著作权登记证书可以作为法律维权的重要证据，帮助企业快速、有效地维护自身合法权益。
版本管理
对于每个迭代的版本，尤其是重要版本，可以考虑申请版权登记，以便在发生纠纷时能够明确著作权归属。
持续监控
定期监控市场，发现侵权行为及时采取法律手段予以制止，维护自身权益。
通过以上措施，可以有效保护软件著作权，防止他人未经许可复制、修改、转售或盗用软件创作成果。