删除`.run`程序通常有以下几种方法：
使用卸载选项
如果`.run`文件是某个程序的可执行安装包，它通常会包含一个卸载选项。你可以通过在终端中输入以下命令来运行卸载选项：
```sh
sh virtualbox-3.1.6-59338-Linux_x86.run --uninstall
```
如果这个选项不起作用，你可以尝试找到安装目录下的`uninstall`文件，并执行它：
```sh
./uninstall
```
使用`locate`命令
如果你不知道`uninstall`文件的具体位置，可以使用`locate`命令来搜索它：
```sh
locate virtualbox | grep uninstall
```
然后在找到的路径下执行`./uninstall`命令进行卸载。
通过包管理工具
如果你使用的是基于Linux的发行版，并且安装了`apt`或`yum`等包管理工具，可以通过它们来卸载程序。例如，对于VirtualBox，可以使用以下命令：
```sh
sudo apt-get remove virtualbox
```
清理注册表
如果你想从Windows系统中彻底删除`.run`程序，可以编辑注册表。按下`Win+R`键打开“运行”对话框，输入`regedit`并回车，然后依次展开`HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run`节点，找到并删除相关的Run节点内容。
建议
备份重要数据：在卸载任何程序之前，建议先备份重要数据，以防万一。
检查依赖关系：在卸载程序之前，确保检查是否有其他程序依赖于该程序，以避免因卸载导致的其他问题。
使用官方卸载程序：如果`.run`文件是官方提供的安装包，尽量使用官方提供的卸载程序，以确保卸载过程的安全和完整。