诸葛亮神机妙算的故事主要体现了他的智慧和策略，以下是一些著名的故事：
草船借箭
诸葛亮利用大雾和曹军的多疑，设计让士兵击鼓呐喊，成功从曹军那里“借”到了十万支箭。这个故事展现了诸葛亮的智谋与胆识，成为智慧与策略的典范。
火烧赤壁
在赤壁之战前夕，诸葛亮预测到特定的日子会有东风，便建议周瑜在那时发动火攻。最终，东风大作，周瑜按照计划发动了火攻，曹军的船只被火焰吞噬，大败而归。这场战役是三国时期最著名的战役之一，也是“神机妙算”的典型例证。
空城计
诸葛亮在面对司马懿的大军时，由于兵力悬殊，选择故意显示空虚的样子，自己在城楼上弹琴唱曲。司马懿疑心重，认为城中有埋伏，最终不敢贸然进攻，最终退兵。这个故事展示了诸葛亮的智谋和胆识。
七擒孟获
诸葛亮在南征时，七次捉拿并释放南蛮王孟获，最终使孟获心悦诚服，彻底平定了南方的叛乱。这一过程充分展现了诸葛亮的智慧和耐心。
火烧博望坡
诸葛亮在博望坡之战中，利用火攻战术，成功击败了曹操的军队，为后来的赤壁之战奠定了基础。
火烧新野
诸葛亮在新野之战中，通过火攻战术，成功击败了曹军，展现了他的军事才能。
神机妙算救后代
诸葛亮在临死前给后代留下了一封信，信中包含了应对危机的方法。当司马昭想要治诸葛亮后代时，后代按照信中的指示，成功逃脱了灾难。这个故事体现了诸葛亮的远见和智慧。
这些故事都充分展示了诸葛亮的“神机妙算”，他在军事、政治和外交等方面都表现出了卓越的智慧和策略。