软件侵权的赔偿方式主要依据《中华人民共和国著作权法》第五十四条第一款的规定，具体赔偿方式如下：
按照实际损失赔偿
侵权人应当按照权利人因侵权所受的实际损失给予赔偿。
赔偿数额包括权利人的直接经济损失以及为制止侵权行为所支付的合理开支，例如调查取证费、律师费等。
按照违法所得赔偿
如果权利人的实际损失难以计算，可以参照侵权人的违法所得来确定赔偿数额。
参照权利使用费
当权利人的实际损失或侵权人的违法所得难以计算时，可以参照该权利使用费给予赔偿。
惩罚性赔偿
对于故意侵权且情节严重的，法律允许在基础赔偿数额的基础上，按一倍至五倍的比例提高赔偿额度。
法院酌定赔偿
当权利人的实际损失或者侵权人的违法所得不能确定的，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。
建议
在实际操作中，确定软件侵权赔偿数额时，应综合考虑以下因素：
权利人的实际损失，包括因侵权行为导致的利润减少、销售下降等。
侵权人的违法所得，包括产品销售利润、营业利润和净利润等。
权利人为制止侵权行为所支付的合理开支，如调查取证费、律师费等。
侵权行为的性质、持续时间、影响程度等。
通过以上方式，可以更准确地确定赔偿数额，以保障权利人的合法权益。