软件项目的付款方式可以根据不同的合同类型、项目进度以及双方协商的结果来定制。以下是一些常见的付款方式：
分期付款
项目承担单位在项目进度中期向软科学研究管理部门和项目归口管理单位提交相关报表和研究报告，经审查合格后，再予办理续拨款手续。这种方式适用于经费较大的项目，可以分阶段拨付经费。
预付款
在合同签订后，甲方可以先支付一部分款项，通常是30%的预付款。剩余款项根据项目进度，分别在方案签定后、集成测试完成和上线测试报告签署后支付。
里程碑付款
根据项目实施的里程碑，如需求分析完成、设计完成、开发完成、测试完成等，每个阶段完成后支付一定比例的款项。这种方式可以确保项目按计划进行，并且甲方可以在每个阶段对项目的进展进行评估。
最终验收付款
项目上线并通过最终验收后，甲方支付剩余的款项。这种方式可以确保项目的成功实施，并且甲方在项目完成后对项目的成果进行最终评估。
按业务单据付款
在某些情况下，软件付款可以根据业务单据进行，例如外包人工单、材料采购单等。这种方式适用于业务单据明确、易于核算的项目。
直接付款
在某些系统中，如果“所有付款单必须通过付款申请单（已审核）才可以执行”的开关未打开，可以直接根据业务单据填写付款单进行付款。
在选择付款方式时，建议综合考虑项目的具体情况、双方的风险偏好以及合同条款，确保付款方式既能够满足项目需求，又能够保护双方的权益。