一个男生在新年零点发短信祝新年快乐可能有以下几种含义：
关心与祝福
他可能只是出于善意和礼貌，想要给身边的人送上新年的祝福，希望对方在新的一年里快乐、幸福。
特别关注
他可能觉得你是一个特别的人，值得在新年这个特殊时刻收到他的祝福，这表明他可能一直关注着你。
好感或喜欢
有可能他对你有好感或喜欢，通过发送新年祝福来表达他的情感，这是一种较为隐晦的表达方式。
习惯或传统
他可能有一个习惯或传统，在每年的新年零点给亲朋好友发送祝福，这并不一定代表他对你有特别的感情。
后续行动
有时候，发送新年祝福可能只是一个开始，后续可能会有更多的行动来表明他的真实意图，比如更频繁的关心、约会等。
综合来看，一个男生在新年零点发短信祝新年快乐，最直接的解读是他想要向你表达新年的祝福和关心。如果你对他也有好感，可以适当回应，进一步了解彼此的关系。如果不确定对方的意图，也可以选择直接沟通，以免误解。