如何用软件构建rna

构建RNA结构通常涉及使用专门的软件和工具来预测或分析RNA的二级和三级结构。以下是一个使用软件构建RNA结构的步骤概述：

安装必要的软件包

Arnie：这是一个实用的工具库，可以简化与各种二级结构预测包的交互。

EternaFold：这是一个领先的RNA二级结构预测包，使用通过公民科学游戏Eterna收集的序列进行训练。

安装Arnie

```bash

pip install arnie

```

安装EternaFold

```bash

conda config --set auto_update_conda false

conda install -c bioconda eternafold --yes

```

设置EternaFold环境变量

```bash

export ETERNAFOLD_PATH=/opt/conda/bin/eternafold-bin

export ETERNAFOLD_PARAMETERS=/opt/conda/lib/eternafold-lib/parameters/EternaFoldParams.v1

```

使用Arnie和EternaFold进行结构预测

示例：锤头核酶序列的二级结构预测：