“三长两短”的由来有多种解释，主要包括以下几种：
与棺木有关
棺木由六片木板组成，其中三块为长木板，两块为短木板，因此称为“三长两短”。
棺木未盖棺之前，被称为“地、日、月、彩头、彩尾”，其中三块为长木板，两块为短木板，因此称为“三长两短”。
古代的棺木盖棺之后，需要用绳子捆扎起来，而捆棺木的绳子是竖着捆两道短的，横着捆三道长的，这也称之为“三长两短”。
与香烛有关
在丧葬文化中，香烛是必不可少的，一般使用三柱香和两支蜡烛。三长两短的五支香象征着即将降临的劫数，意味着死亡的临近。
与铸剑有关
古代春秋时期，铸剑大师欧冶子铸造了五把神剑，其中三把长剑代表“三长”，两把短剑代表“两短”。
与丧葬礼仪有关
古代的棺木不用钉子，用皮条把棺材底和盖捆合在一起，横的方向捆三道，纵的方向捆两道，因此称为“三长两短”。
与道教文化有关
道家用烧香的速度来预测未来，三长两短的五支香最为凶险，一旦出现三长两短的催命香，除非有转机否则劫数难逃。
综合以上几种解释，“三长两短”这个成语的由来主要与棺木、香烛、铸剑及丧葬礼仪等文化因素有关。它最初指的是棺木的捆扎方式，后来逐渐演变成了指代人的死亡，并进一步引申为意外、灾祸等意思。在现代汉语中，“三长两短”仍然被广泛使用，通常用来形容意外的灾祸或事故，特指人的死亡。