在电视剧《还珠格格》中，小燕子和五阿哥永琪的结局是 他们放弃了荣华富贵，远走大理，此后隐姓埋名。最终，皇位落到了和硕嘉亲王爱新觉罗·永琰的身上，也就是历史上的嘉庆帝。尽管在第三部中出现了知画这个角色，给他们的生活带来了不少波折，但最终五阿哥还是选择和小燕子一起离开皇宫，在云南过上了幸福的生活。
因此，可以得出结论，小燕子和永琪在《还珠格格》的结局是 他们放弃了皇位和皇宫的繁华，选择隐居大理，过上了平淡而幸福的生活。