在《草船借箭》的最后一个自然段，周瑜自叹不如诸葛亮的原因主要有以下几点：
智谋不如诸葛亮
周瑜设计陷害诸葛亮，要求他在十天内造好十万支箭，但诸葛亮仅用了三天时间，并且巧妙地利用了草船和浓雾，成功从曹操那里“借”来了箭。这显示了诸葛亮的智谋和计划能力远超过周瑜。
观气节之术不如诸葛亮
周瑜在草船借箭的过程中，没有预料到诸葛亮会利用草船和雾气来借箭，这表明他在观气节之术上不如诸葛亮，无法洞悉诸葛亮的真正意图和计划。
心胸狭窄，妒能忌贤
周瑜因为嫉妒诸葛亮的才干，才会设计陷害他。而诸葛亮却能顾全大局，利用自己的才智化解了周瑜的阴谋，这让周瑜深感佩服和自叹不如。
未能识破诸葛亮的妙计
诸葛亮在借箭过程中，采取了一系列巧妙的措施，如用青布幔子遮船、草靶子排在船两边等，这些都被周瑜忽视了。最终，周瑜未能识破诸葛亮的妙计，反而被诸葛亮所利用。
综上所述，周瑜在《草船借箭》的最后一个自然段自叹不如诸葛亮，主要是因为诸葛亮的智谋、观气节之术以及心胸宽广等方面都远超过他，使得周瑜在周瑜在草船借箭的计划中彻底失败，深感佩服和无奈。