元曲与小令的不同主要体现在以下几个方面：
结构
小令：是独立的只曲，体制短小，通常只有一支曲子，少数包含二三支曲子。元曲中的小令没有双调，更无三叠或四叠，因此又称为“叶儿”。
元曲：包括散曲和杂剧。散曲又分为小令和套数，套数由多支曲子组成，并且要求始终用一个韵。
韵律
小令：在音乐上吸收了词中令牌演变而来，用韵加密，几乎每句都要押韵，平、上、去三声互押。例如，马致远的《天净沙·秋思》中，不但逐句押韵，其中的仄声字也通押。
元曲：在韵律上比词中的小令更为自由，不受平仄不能通押的限制。元曲的小令在押韵上更为灵活，可以使用不同的韵脚。
语言
小令：语言较为典雅含蓄，讲究四声平仄格律和句式参差。
元曲：语言更显得直白尖新，大量使用方言口语，为了使语言更加生动活泼，可以在曲中加衬字。例如，钟嗣成的《醉太平·落魄》中加衬字是为了歌唱和语言活泼之需。
风格
小令：形式较为简练，通常只有几句，形式较为简练。
元曲：形式活泼，风格清新，描绘生动，手法多变，更注重表现个人情感和思想。元曲比词更加自由灵活，不受五言、七言的限制。
总结：
元曲与小令在结构、韵律、语言和风格上都有明显的区别。小令是独立的只曲，体制短小，语言典雅含蓄，韵律严谨；而元曲是一种更为自由灵活的文学形式，包括散曲和杂剧，语言直白尖新，大量使用方言口语，形式活泼，风格清新。