加工中心删除程序的方法如下：
FANUC系统
进入编辑模式。
输入程序号，例如输入“O1”。
按下“DELETE”（删除键）。
再按显示器下面最右边的软件对应的执行键，确认删除。
三菱64系统
在操作面板上找到“EDIT”按钮，按下进入编辑界面。
在编辑界面中找到“MEMORY”按钮，按下进入存储器界面。
找到正在运行的程序所在的存储器位置，通过光标选择该程序。
按下“DELETE”（或DEL）按钮，将该程序从存储器中删除。
确认删除后，回到编辑界面，重新加载程序，即可从断点处继续运行。
建议根据具体的加工中心系统和型号选择合适的方法进行删除操作。