商家申请仲裁程序通常包括以下几个步骤：
选择仲裁机构
商家应首先选择适用的仲裁机构。我国的仲裁机构主要包括中国国际经济贸易仲裁委员会、中国国际经济贸易仲裁委员会香港分会、上海国际经济贸易仲裁委员会等。
编制仲裁申请书
商家需要编制一份详细的仲裁申请书，内容包括：
当事人基本情况介绍
争议的事实和原因
请求和诉讼请求的理由
证据材料
交付申请书及缴纳费用
商家将编制好的仲裁申请书交付给选定的仲裁机构，并缴纳相应的费用，包括案件受理费和仲裁费。
提交仲裁申请
商家需向仲裁委员会递交仲裁协议、仲裁申请书及副本。仲裁委员会在收到申请后，会在一定期限内进行审查，决定是否受理。
仲裁受理与组成仲裁庭
仲裁委员会在审查申请材料后，若符合条件，将受理案件并通知当事人。随后，仲裁庭将选定或指定主审员及其他成员，并确定案件受理和期限。
举行听证及调解
仲裁庭应通知当事人出席听证，当事人可以自行出席或委托代理人出席。在听证中，当事人可以陈述自己的意见和提供证据材料。如果当事人达成和解协议，仲裁庭应制作调解书；如果未能达成协议，则继续进行下一步程序。
作出裁决
仲裁庭在裁决前的准备阶段会进行充分的准备，最终在规定时间内作出裁决，并通过书面方式送达各当事人。
商家在申请仲裁时，应确保所有材料齐全、准确，并按照仲裁机构的要求进行提交。在整个过程中，商家应积极配合仲裁庭的工作，以确保仲裁程序的顺利进行和公正裁决的实现。