经营小程序涉及到的税费主要包含增值税和个人所得税，具体缴纳方式如下：
增值税
若小程序作为中介，仅代收客户支付的款项再转给甲方，且没有从中获取额外收入，则可能无需缴纳增值税。但需确保资金流向清晰，符合相关法律法规。
若工作室从中获取了服务费或其他收入，则需按税务规定缴纳相应的增值税。
个人所得税
工作室从中获取的服务费或其他收入需按税务规定缴纳个人所得税。
开具发票方面
工作室不应给甲方开具发票，而应由甲方开具发票给工作室（中间商）。
建议：
确保所有收入均合法合规，并妥善保存相关凭证，以便在税务检查时能够提供完整的财务记录。
咨询专业的税务顾问或会计师，以确保完全符合所有相关的税务规定，避免潜在的税务风险。