工程退款程序通常包括以下几个步骤：
提交退款申请及相关证明材料
乙方应按照甲方的要求，在协议生效后的一定时间内，向甲方提交退款申请及相关证明材料。这些材料可能包括但不限于合同履行情况、工程质量验收报告、施工进度报告等，以证实乙方已按照合同约定履行了合同义务。
确认退款金额和期限
甲乙双方应协商确定退款金额和退款期限。甲方同意退回的金额应明确写在退款协议中，并约定甲方在协议签署之日起的某个工作日内将退款款项转账到乙方指定的账户。
履行退款条件
乙方需要完成合同约定的工程施工项目，并保证工程质量符合国家相关法律法规及行业标准。此外，乙方还应提供与工程施工相关的所有资料、文件和证明，以证实其已按照合同约定履行了合同义务。
违约责任
如果乙方未能按照协议约定的时间和条件履行退款义务，甲方有权要求乙方承担相应的违约责任。这可能包括继续履行合同、支付违约金等。
争议解决
如果甲乙双方在退款过程中发生争议，应首先通过友好协商解决。如果协商无果，任何一方均有权向有管辖权的人民法院提起诉讼。
提交退款申请
乙方在协议生效后10个工作日内，向甲方提交书面退款申请及相关证明材料。
确认退款金额和期限
甲乙双方协商确定退款金额为人民币100万元，甲方在协议签署之日起15个工作日内将退款款项转账到乙方指定账户。
履行退款条件
乙方需在提交退款申请时，提供合同履行情况报告、工程质量验收报告等相关证明材料。
违约责任
如乙方未能按时提交退款申请或相关证明材料，甲方有权要求乙方支付违约金，并继续履行退款义务。
争议解决
如甲乙双方在退款过程中发生争议，应首先通过友好协商解决；协商无果的，任何一方均有权向有管辖权的人民法院提起诉讼。
通过以上步骤，甲乙双方可以依法、有序地进行工程退款，确保各自的权益得到保障。