如果发现选举程序存在问题，可以采取以下措施进行处理：
举报
向乡、民族乡、镇的人民代表大会和人民政府或者县级人民代表大会常务委员会和人民政府及其有关主管部门举报。
如果违法行为发生在选举各级人民代表大会代表和国家机关领导人员时，可以向选举委员会或上级人大、人大常委会反映或投诉，并提供证据线索。
自我纠正
属于工作失误违反选举程序的，一经发现，应立即纠正，并对犯有这类违法错误的人进行严肃的批评教育；对个别情节严重，给选举工作造成不良影响的，给予通报批评甚至纪律处分。
调查处理
有关部门会根据举报情况进行调查，并依法处理。如果发现以暴力、威胁、欺骗、贿赂、伪造选票、虚报选举票数等不正当手段当选的，当选无效。
对于破坏选举秩序的行为，根据《治安管理处罚法》进行处罚，包括警告、罚款、拘留等。
整改
如果选举结果未通过审核，应明确未通过审核的原因，并进行整改。整改可能包括重新组织选举环节、重新核对投票资格、重新计票或重新组织投票选举等。
加强管理
制定和完善班级管理规章制度，确保选举的公正性。例如，设立监督小组，监督选举过程，确保选举的公正透明。
法律依据
建立完善的法律法规体系，明确换届选举程序的具体要求和标准，确保选举过程的合法性和规范性。
通过以上措施，可以及时处理选举程序中的问题，确保选举的公正性和合法性。