面对建设程序混乱的问题，可以采取以下措施进行办理：
查明事实与处理处罚
首先，需要查明建设程序混乱的具体事实，包括违规建设的具体情况、影响程度等。
根据相关法律法规，如《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，对违法行为进行处理和处罚。这可能包括责令停止建设、限期改正、罚款、没收实物或违法收入等措施，具体处理方式取决于违法行为的性质和严重程度。
补办手续
对于能够采取改正措施消除对规划实施影响的，应限期改正，并补办相关手续。
对于无法采取改正措施的情况，可能需要限期拆除，不能拆除的，将没收实物或违法收入。
优化审批流程
明确审批流程与职责划分：项目部的领导层应明确并优化审批流程，确保每一步骤都有清晰的定义和责任人。通过制定详细的流程图或操作手册，明确各环节的审批标准、时间节点及所需材料，减少因流程不明导致的延误。同时，合理划分各部门、各岗位的职责范围，避免审批过程中的推诿扯皮现象。
引入信息化管理系统
利用现代信息技术，如项目管理软件、OA系统等，实现审批流程的线上化、自动化。这样可以大幅提高审批效率，还能确保审批记录的可追溯性。通过系统设置，可以自动提醒审批人及时处理，减少因人为疏忽导致的延误。
定期评估与优化
审批流程并非一成不变，项目部应建立定期评估机制，对审批流程的实施效果进行回顾与分析。通过收集反馈意见、分析数据指标等方式，识别流程中的不足之处，并据此进行持续优化。例如，对于频繁出现的审批瓶颈，可以考虑调整审批权限、简化审批流程或引入新的技术手段加以解决。
加强内部沟通与培训
定期组织内部沟通会议，确保所有相关人员都了解并遵守审批流程。
对审批人员进行培训，提高其专业素养和审批效率，减少因操作不当导致的流程混乱。
通过以上措施，可以有效解决建设程序混乱的问题，确保工程项目的合规性和顺利进行。