当审查程序错误时，可以采取以下措施进行处理：
申请审判监督程序
刑事案件：当事人可以申请审判监督程序，请求对案件重新进行审理。上级人民法院发现下级人民法院已经发生法律效力的判决、裁定确有错误，或者最高人民法院发现各级人民法院已生效的判决、裁定确有错误，会进行提审或指令下级人民法院再审。
提起再审程序
民事诉讼：如果发现民事诉讼程序错误，可以提请再审程序。再审是为纠正已经发生法律效力的错误判决、裁定，依照审判监督程序，对案件重新进行的审理。不同的启动再审的部门反映了当事人有不同的申诉救济途径，当事人可以到中级人民法院、省高院、检察院进行申诉。
二审法院的处理
程序错误：如果案件一审的程序有明显错误，二审法院会裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第二项的规定，原判决程序错误属于发回重审的情形之一。
严重程序错误的处理
严重程序错误：如果一审民事诉讼程序存在严重的违反民事程序的错误，二审法院一般会发回初审法院，从头开始，重新审理整个案件，甚至是需要组成新的合议庭审理。
建议
及时申诉：一旦发现程序错误，当事人应及时向相关法院或检察院提出申诉，以便尽早纠正错误。
准备充分：在申诉过程中，应准备好相关证据和材料，以支持自己的申诉理由。
咨询专业律师：在处理程序错误时，建议咨询专业律师，以获得更具体的法律建议和帮助。
通过以上措施，可以有效地处理审查程序错误，维护司法公正和法律的权威性。