工程付款程序通常包括以下几个步骤：
承包商提出付款申请
承包商根据工程进度和合同条款，填报工程师指定格式的月报表，说明应得款项。
工程师审核
工程师对承包商的付款申请进行全面审核，修正或删除不合理部分，并计算付款净金额。
若净金额小于合同规定的临时支付最小限额，则工程师不需开具付款证书。
编制期中付款证书
工程师在审核无误后，编制期中付款证书，并签署意见。
业主支付
业主收到工程师签发的付款证书后，按合同规定时间支付给承包商。
工程竣工结算
工程竣工后，承包商提交工程结算清单和相关资料，工程部（办公室）审核资料完备后开具支付证书，并由分管领导审批签署意见。
审核与审批
预算员根据工程进度和合同条款，仔细审核每项付款，并计算是否正确。
审核通过后，由工程部经理、总经理和董事长依次审批，最终由出纳办理付款。
支付与发票
施工单位根据审核审批通过的申请表中的金额开具发票，并提交财务部。
财务部复核发票金额与申请表一致后，办理款项转付。
验收与尾款支付
工程完成后，乙方提交完整的工程验收资料，甲方组织验收。
验收合格后，甲方按合同约定支付工程验收款。
建议在实际应用中，各方应严格按照上述程序操作，确保工程款项支付的准确性和及时性，避免因程序不当导致纠纷。