整理编程软件可以通过以下几种方法：
功能分类法
根据编程软件的功能将其进行分类，例如编辑器、编译器、集成开发环境（IDE）、调试器、版本控制工具等。
编程语言分类法
根据编程软件所支持的编程语言将其进行分类，例如C语言编程软件、Java编程软件等。
平台分类法
根据编程软件所运行的平台将其进行分类，例如Windows平台、Linux平台、Mac平台等。
开发领域分类法
根据编程软件所应用的开发领域将其进行分类，例如Web开发工具、移动应用开发工具等。
使用专业工具
利用专业的软件归类管理工具，如软件管理系统、软件库等，对编程软件进行统一的管理和维护，提高工作效率和软件资源的利用率。
此外，对于文件整理，还可以使用一些专门的工具和方法：
文件管理器
操作系统自带的文件管理器（如Windows资源管理器、Mac的Finder、Linux的Nautilus）是最常用的整理文件的工具，提供基本的文件浏览、复制、移动、删除等功能。
命令行工具
命令行工具（如Windows的cmd、Linux的Terminal）可以通过命令来对文件进行管理，如复制、移动、删除、重命名等操作。
文本编辑器
文本编辑器（如Notepad++、Sublime Text、Visual Studio Code）不仅可以用来编辑文本文件，也可以对文件进行复制、移动、删除等操作。
版本控制工具
版本控制工具（如Git、SVN）可以用来管理文件的版本，记录每一次变更的历史。
数据库管理工具
数据库管理工具（如MySQL、Oracle）可以用来管理数据库文件，进行备份、恢复、导入、导出等操作。
文件整理工具
专门用来整理文件的软件（如Total Commander、FreeCommander、XYplorer）可以对文件进行分类、排序、查找、批量重命名等操作。
结合以上方法，可以根据实际需求选择合适的工具和方法进行编程软件的整理，以提高工作效率和软件资源的利用率。