日本程序员回国的签证申请主要涉及两种类型：工作签证（Z字签证）和留学签证。以下是具体的申请步骤和注意事项：
工作签证（Z字签证）
申请条件：
需要有中国公司邀请并在中国缴税。
必须在日本工作满五年以上才有资格申请。
申请流程：
日方公司需要先办理在留资格证明书，这个过程大约需要一个月。
拿到在留资格证明书后，申请人需要携带该证明书和其他相关材料去日本驻华大使馆或代办处办理工作签证。
办理好工作签证后，入境后两周内需要去办好外国人登录手续。
留学签证
申请条件：
需要有日本大学的录取通知书。
需要证明有足够的资金支付学费和生活费。
申请流程：
日本留学生可以直接前往大使馆或领事馆办理签证，也可以选择在国内的签证服务中心办理，但需要缴纳额外手续费用。
在提交签证申请时，需要提供个人的基本信息和申请表格，并根据不同身份和留学类型提供相应的证明材料。
需要提前准备好机票和酒店预订等相关证明文件，以证明有足够的资金支付旅行费用。
建议
提前规划：提前了解并准备好所有必要的文件和材料，确保申请过程顺利。
选择合适的签证类型：根据自身情况选择工作签证还是留学签证，并严格按照要求准备相关材料。
注意签证申请细节：在填写签证申请表时，务必认真填写每一项信息，确保真实准确，避免因材料不齐或事由不充分而被拒签。
希望以上信息对你有所帮助。如果有更多具体问题或需要进一步的帮助，请随时咨询相关机构或专业人士。