农民住院的报销程序如下：
区内乡镇级普通门诊定点医疗机构
患者可凭本人有效证件、医疗卡，经确认身份后，直接刷卡报销。
区内及区外市内定点医疗机构住院
出院结帐时可直接刷卡报销。
市外二级及二级以上公立医院住院治疗
应在出院后的3个月内，由参保人或其家属带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
特殊病种门诊报销
持二级及二级以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围，可按照住院报销标准以年度为单位进行报销。
因意外伤害的住院患者
出院后需要提交有户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。对于无法提供有效证明及记录的，不予受理。一旦经过新农合调查、审核之后，一旦属实则予以报销。
市内定点医疗机构住院治疗
凭合作医疗证、卡和户口本预交一定额度的押金后，办理住院手续，出院时只结清自付部分，补偿部分由定点医疗机构垫付。
省级新农合定点医疗机构治疗
需在相关医院开具转院证明。
省外公立新农合医疗机构就诊
必须在省级定点医疗机构开具转院证明。
外在务工、上学的参合人员
因病住院治疗或住院分娩的，应选择当地新农合经办机构确立的公立新农合定点医疗机构住院治疗，并在住院之日起7日内委托亲属或他人，持定点医疗机构住院证明（或传真复印件）在户籍所在地乡镇卫生院办理转诊手续，出院后20日内将诊断证明、出院证明、发票、费用清单（原件）及病理复印件提供给户籍所在乡镇合管办，并在乡、村两级政务公开栏公式不少于15天后符合新农合报销规定的，由乡镇卫生院录入新农合系统给予补偿。
报销材料
参保者出院之后将住院发票、费用清单、出院记录和身份证交到本乡镇/合管所，经过审核之后，乡镇合管所会将符合条件的申请送到市农保业务管理中心，之后则会将报销的医疗费转入参保人指定账户中。
建议：
参保农民在办理住院报销时，应提前准备好所有必要的材料，并按照规定的流程进行申请和审核，以确保顺利报销。
对于特殊病种和意外伤害的情况，需要额外注意相关证明材料的准备和提交。