网站运行程序主要涉及以下几个步骤：
安装Web服务器软件
对于Windows系统，通常使用IIS（Internet Information Services）。
对于Linux系统，通常使用Apache。
部署网站程序源码
将网站程序源码拷贝到一个单独的文件夹中，这个文件夹将成为Web服务器的根目录。
配置Web服务器
将IIS的网站目录指向网站程序目录，确保Web服务器能够找到并访问网站程序。
安装数据库
根据网站程序使用的数据库类型进行安装。例如，如果使用SQL Server，则需要安装SQL Server并恢复网站的数据库；如果使用Access数据库，则需要安装微软Office中的Access软件。
修改数据库连接字符串
如果网站使用数据库，需要修改程序的数据库连接字符串，以便程序能够正确连接到数据库。
注册域名和租用虚拟主机
注册一个域名，并租用虚拟主机来托管网站。
上传网站到虚拟主机
将制作好的网站上传到虚拟主机上，并将主机与域名绑定，同时进行域名解析，使域名指向主机的IP地址。
备案
联系主机服务商进行备案工作，以确保网站的合法运行。
测试网站运行
在浏览器中打开网站，检查网页代码的正确性、容错性和适配性，确保网站能够正常运行并显示预期效果。
运行可执行文件
如果需要在网页上直接运行可执行文件（如EXE文件），可以通过在网页中嵌入JavaScript代码来实现。但请注意，这种做法可能会受到浏览器的安全限制，因此在现代浏览器中可能会被禁止或需要额外的配置。
运行其他类型的程序
对于其他类型的程序（如Flash、Winform等），需要确保浏览器支持这些技术，并在浏览器中启用相应的插件或配置。
通过以上步骤，网站可以成功运行程序，并提供所需的功能和服务。