当公检法程序违法时，可以采取以下措施进行处理：
向违法机关申诉和控告
当事人和其他相关人员有权向违法机关申诉和控告。例如，公安机关超期羁押可以向公安机关申诉，检察院超期羁押可以向检察院申诉，法院超期羁押可以向法院申诉。这些申诉和控告应当提交给有管辖权的机关，并应当得到及时处理。
利用内部监督机构
公检法机关通常设有专门的法纪监督机构，用于处理申诉和控告。这些机构有责任对违法办案行为进行调查，并采取纠正措施。
向上级机关申诉
如果对处理结果不服，可以向同级人民检察院申诉。对于人民检察院直接受理的案件，还可以向上一级人民检察院申诉。人民检察院对申诉应当及时进行审查，并在情况属实时通知有关机关予以纠正。
向纪检监察机关提出控告
对于法官故意违法办案的情况，可以向纪检监察机关提出控告。纪检监察机关负责调查违纪违法行为，并可以给予相关责任人警告、记过、降级、撤职等处分。
法律途径追究责任
在程序违法严重影响司法公正和被告人权利的情况下，相关责任人可能面临纪律处分，严重者甚至需要承担刑事责任。例如，公安机关办案程序违法可以移交检察院立案侦查，甚至提起公诉追究其刑事责任。
补充侦查或排除非法证据
在审判阶段发现程序违法的，可能需要进行重审；在侦查或审查起诉阶段发现的，可能要求补充侦查、纠正违法程序或排除非法证据等。
法院发回重审
对于审判阶段程序性违法，法院一般会将案件发回重审，以纠正程序性错误，维护司法公正。
综上所述，处理公检法程序违法需要综合运用多种手段，包括内部申诉和监督、法律途径追究责任以及必要的司法干预。通过这些措施，可以确保司法活动的合法性和公正性。