当存在程序违法时，应根据相关法律法规进行处理。以下是处理程序违法的主要方式：
行政复议
根据《行政复议法》第64条、65条、67条的规定，程序违法的行政行为可能会被行政复议机关撤销或部分撤销，并可能责令被申请人在一定期限内重新作出行政行为。
行政诉讼
根据《行政诉讼法》第70条的规定，法院可以判决撤销或部分撤销违反法定程序的行政行为，并要求被告重新作出具体行政行为。
行政处罚
对于违反法定程序的行政处罚，法院可以撤销或部分撤销处罚决定，并要求行政机关重新作出处罚决定。
行政强制
根据《行政强制法》，违反法定程序实施行政强制的，由上级行政机关或有关部门责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
行政许可
对于违反法定程序作出准予行政许可决定的，作出行政许可决定的行政机关或其上级行政机关可以撤销行政许可。
责任追究
在程序违法的情况下，除了上述处罚措施外，还应当依法追究相关人员的违法责任。
重新鉴定
在某些特定情况下，如涉及鉴定程序违法，法院可以判决重新鉴定。
确认无效
对于重大且明显的程序违法，法院可以判决确认行政行为无效。
综上所述，程序违法的处理方式多样，具体取决于违法的性质、严重程度及具体案件情况。相关当事人可以通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益，并要求责任方承担相应的法律责任。