当送达程序违法时，可以采取以下措施进行处理：
提出申诉或检举
当事人对于违法送达有异议的，可以根据《行政处罚法》第五十四条和第五十五条的规定，向行政机关提出申诉或检举。
说明情况并记录
若违法行为人拒收法律文书，公安机关可以邀请见证人到场，说明情况，并对拒收情况进行录音录像。将文书留在受送达人处，并在附卷的法律文书上注明拒绝的事由和送达日期，由送达人、见证人签名或捺指印，以此视为送达。
采取其他合法送达方式
如果无法直接送达，可以采取委托送达或邮寄送达的方式。
如果受送达人下落不明，或者通过上述方式均无法送达，可以采取公告送达的方式。
核实异议内容
公安机关应对违法行为人提出的异议内容进行全面核实，查看之前的送达记录和相关证据，确认是否存在送达程序瑕疵，例如留置送达的见证情况、录像资料、送达人员和见证人的签名等。
解释送达合法性
如果送达程序合法，公安机关应当向违法行为人详细解释送达的合法性，例如，解释留置送达是在其拒收情况下依法采取的措施，文书自送达之时起即产生法律效果。
上级机关或有关机关介入
被处罚人可以向行政机关的上一级行政机关或有关机关提出举报或投诉。这些机关可以责令作出行政处罚决定的行政机关改正其行为，并依法给予直接责任人员处分。
补救措施
送达程序不合法时，应采取一定的补救措施，使送达程序合法。例如，重新进行送达或采取其他合法有效的送达方式。
通过以上措施，可以确保送达程序的合法性，保障当事人的合法权益，并维护法律的严肃性和权威性。