如果发现交警程序违法，可以采取以下措施进行处理：
申请行政复议
对交警的处罚有异议的车主可以申请行政复议。例如，汉中交警支队工作人员表示，有异议的其他车主可以申请行政复议，追责等情况调查清楚了会对外公布。
投诉或举报
可以向当地公安机关或纪委监委投诉交警的违法行为。律师指出，涉事单位或被责令整改，涉事交警、责任主管人员或面临批评教育及党纪政纪处分。
收集证据
如果交警在处理过程中存在程序违法，可以收集相关证据，例如现场照片、视频、询问笔录等，以便在需要时提供证明。
咨询专业律师
可以咨询专业律师，了解具体的法律途径和可能的法律后果，以便更好地维护自己的权益。
遵守法律程序
在处理交通违章时，应遵守《道路交通安全违法行为处理程序规定》，确保自己的权益不受侵犯。例如，交警在处理违章时应遵循调查取证、告知处罚事项、听取陈述和申辩等程序。
通过以上措施，可以有效地处理交警程序违法的问题，维护自己的合法权益。