司马家族最终是被 刘裕灭亡的。具体过程如下:
西晋在公元316年被北方蛮族灭亡,北方陷入混乱,史称五胡乱华。
317年,晋室南渡,司马睿在建邺(今南京)建立东晋,东晋曾多次北伐。
刘裕是东晋末年的一位重要政治家和军事家,他通过一系列军事和政治手段,逐渐掌握了东晋的实权。
刘裕在公元420年推翻东晋皇帝,建立刘宋,标志着司马家族的彻底灭亡。
因此,可以说司马家族是被刘裕灭亡的。