工程对账程序可以按照以下步骤进行：
收集资料
整理合同、变更单、支付凭证等相关文件，确保所有记录与实际发生情况一致，并检查金额、日期等信息。
核对数据
核对所有记录与实际发生情况是否一致，包括金额、日期等信息，确保数据的准确性。
编制对账单
列出应付款项、已付款项及未付款项明细，确保对账单的清晰和准确。
双方确认
与对方核对对账单，确认无误后签字盖章，确保双方权益清晰明确。
处理差异
针对发现的问题进行沟通解决，调整账目，确保账目一致。
此外，为了更好地进行工程对账，还可以注意以下几点：
建立明确的合同
施工单位与业主在开展工程前需要建立明确的合同，明确双方权利和义务，包括工程量、工程进度、工程质量、工程款支付方式等，以便在对账过程中有据可依。
做好施工记录
在施工过程中，施工单位需做好施工记录，包括施工日志、工程变更通知单、工程变更确认单等，这些记录可以作为对账的依据。
及时沟通
对账是双方沟通的过程，施工单位需要与业主保持及时的沟通，及时反馈工程进度和质量情况，减少双方对账时的误会和纠纷。
严格执行质量验收标准
在工程完工时，施工单位需要严格执行质量验收标准，确保工程质量符合合同要求，避免因质量问题导致的纠纷。
提供清晰的对账单据
对账时，施工单位需要提供清晰的对账单据，包括工程量清单、工程款支付证明、工程质量验收报告等，方便业主核对。
合理处理纠纷
如果在对账过程中出现纠纷，双方需要本着诚实守信的原则，通过协商和调解来解决，避免因纠纷影响工程进度和双方关系。
通过以上步骤和注意事项，可以有效地进行工程对账，确保双方权益清晰明确，减少纠纷，保障工程顺利进行。