iPhone 6s 发布的系统版本为 iOS 8，出厂时搭载的就是这个系统版本。不过，苹果手机是支持系统升级的，用户可以根据需要将系统升级到最新版本。有建议称，为了保持手机的流畅性，iPhone 6s 最好保持在 iOS 9 系统，因为升级到更新的系统可能会导致手机运行变慢。同时，也有信息称，苹果计划在 iOS 15 系统发布时放弃对 iPhone 6s 的支持。
综上所述， iPhone 6s 可以运行的系统版本包括 iOS 8 和 iOS 9，但为了获得更好的使用体验，建议保持在较新的 iOS 9 系统，并注意随着后续系统版本的发布，及时进行系统更新或降级操作，以避免因系统不兼容导致的问题。