飞船的控制系统主要包括 导航与控制系统（GNC）。GNC系统负责飞船飞行全过程的姿态和轨道控制，以及在轨太阳帆板控制。它决定了飞船如何运动、如何返回，因此被比喻为飞船的眼睛和大脑。GNC系统在载人航天飞船中占据举足轻重的地位，负责从发射到返回的全部飞行控制任务，包括发射之初的逃逸救生控制技术、在轨运行期间手动控制技术、两航天器自动和手动交会对接控制技术、绕飞技术、返回过程中的落点控制技术等，其可靠性直接关系到任务的成败和航天员的安全。
除了GNC系统外，飞船的控制系统还包括以下部分：
姿态控制系统：
通过推进器、陀螺仪等设备来实现，确保飞船在太空中保持正确的姿态，使太阳能电池板、天线等设备能够正常工作。
动力控制系统：
控制飞船的动力系统，包括推进器、太阳能电池板等，确保飞船能够按照预定路线行驶。
通信控制系统：
负责与地面控制中心保持通信联系，包括发送和接收数据、控制天线方向等。
生命支持系统控制：
管理飞船上的空气循环、温度控制、水和食物供应等，确保航天员在太空任务中的生存。
载荷控制系统：
对飞船携带的科学实验或其他载荷进行控制和监测，确保其正常工作。
这些系统协同工作，确保飞船能够安全、有效地完成各项任务。