中国科学技术大学计算机科学与技术专业的课程设置旨在培养学生具备扎实的计算机科学与技术理论基础，系统掌握计算机科学与技术的专业知识及技能，并具有良好的科学素质和创新能力。主要课程包括但不限于：
基础课程：
电子技术
离散数学
C语言
数据结构
操作系统
计算机组成原理
微机系统
计算机网络
专业课程：
编译原理
计算机体系结构
操作系统原理与设计
程序设计语言基础（英语）
密码学
人工智能导论
软件工程
数据科学导论
数据库系统及应用
数理逻辑
算法基础
图论
Web信息处理与应用
微机原理与系统
物联网导论
实践性教学环节：
电子工艺实习
硬件部件设计及调试
计算机基础训练
课程设计
计算机工程实践
生产实习
毕业设计（论文）
学生毕业后，能够从事计算机科学理论、计算机系统结构、计算机软件、计算机应用及计算机网络等方面的科研、开发、教学和管理工作，也可以继续攻读计算机科学与技术等相关学科的硕士学位。