汽车不能刷程序的主要原因包括：
保修失效：
刷程序可能会影响汽车的保修条款。许多汽车制造商明确规定，如果车辆进行了非原厂授权的程序修改，将取消保修资格。这是因为刷程序可能改变汽车的运行方式和性能，从而影响其稳定性和可靠性。一旦出现问题，4S店可能会拒绝提供保修服务，给车主带来经济损失。
性能和安全问题：
刷程序可能会导致汽车性能的异常提升，例如增加油耗、减少发动机寿命、加速零部件老化等。此外，发动机超频工作对冷却系统的要求更高，可能导致冷却系统不堪重负，发动机温度过高，严重时甚至危及车辆的使用寿命。
法规限制：
某些国家或地区对汽车排放有严格的法规限制，为了防止车主通过刷程序来篡改ECU，从而避免排放超标，政府对ECU软件进行了加密保护。这使得普通车主无法随意更改ECU软件程序，导致国产车不能刷ECU。
保值率下降：
刷程序可能会影响汽车的保值率。因为刷程序后的车辆在出现问题时可能无法享受保修服务，且其性能和寿命可能受到影响，这会导致车主在出售车辆时面临较大的折旧损失。
综上所述，虽然刷程序可能在短期内提升汽车性能，但长期来看，它可能会带来一系列负面影响，包括保修失效、性能下降、安全隐患和保值率降低。因此，建议车主在考虑刷程序时要慎重考虑其潜在风险，并咨询专业人士的意见。