留学日本出境程序如下：
海关出境检查
如果有物品需要申报，请如实填写海关申报单，并走红色通道办理海关手续。
如果没有需要申报的物品，凭护照和机票进入绿色通道，到所在航班的柜台处办理登机和行李托运手续，领登机牌。
到达出关检查口时，填写出境卡并出示护照。
办理卫生检疫手续
出示健康证明（出国一年以上的中国籍旅客必须要出示）。
边防检查
提交有效护照、证件、前往国签证、出境登记卡及有关部门签发的出国证明（如资格认定书和入学通知书）。
安全检查
出示有效身份证件、飞机票、登机牌，走过金属探测器门，随身携带的物品需要通过X光机探测。一些物品如禁止携带和有限制的，需遵守乘机须知。
候机和登机
到达所在航班的登机口处休息，准备登机。
登机后，将随身软包放入行李架。机上提供一顿免费正餐，饮料可随时要。
在飞机到达日本前一个小时，乘务员会给第一次到日本的乘客发一张日本国的入境卡，在入境检查时需要用。另外，上机后请把手表调快一小时，以便适应日本时间。
建议提前准备好所有必需的文件，并确保所有物品符合海关规定，以避免在出境时遇到不必要的麻烦。