指纹鉴定的程序通常包括以下几个步骤：
申请与立案
向相关机关申请立案，并提交司法鉴定申请书。申请书应详细说明需要鉴定的指纹样本及其相关情况。
选择鉴定机构
根据法庭的安排，通过摇号或其他公平方式选择司法鉴定机构。鉴定机构的选择应确保公正性和权威性。
指纹收集与比对
收集待鉴定的指纹样本，并与已知指纹进行比对。比对过程中，应注意指纹的类型、伤痕、特殊形状等特征是否一致。
初步检验与鉴定
对指纹样本进行初步检验，寻找细节特征，并基于这些特征进行鉴定。初步检验结果将决定是否需要进一步检验。
分别检验与比较检验
分别检验：确定检材和样本的类型特征，寻找细节特征和其他特征。注意检验细节特征时要正确区分现场指纹的乳突线是黑线还是白线。
比较检验：如果指纹类型不同，则无须对该指纹作进一步检验；如果指纹类型相同，则必须对纹线细节特征进行比较。比较的方法一般是特征对照法，确保比较的特征具有唯一性。
综合评断
根据比较检验的结果，进行综合评断。评断过程中要考虑指纹的面积、特征点的数量、纹线流向、间隔数量等因素。如果指纹类型相同且细节特征也相同，则可以认定为同一指纹；如果有明显差异，则需要对差异点进行详细分析和评断。
收取结果
最后，收取鉴定结果，并根据结果进行后续的法律程序。司法鉴定机构应当在规定的时间内完成鉴定，并将结果及时交付给委托人。
后续处理
如果检材不完整、模糊不清或失去鉴定价值，则不能进行鉴定，并需向双方当事人说明情况。
以上是指纹鉴定的一般程序，具体操作过程中可能会有所不同，具体流程还需参照相关法律法规和鉴定机构的要求进行。