工程竣工审计程序通常包括以下几个步骤：
资料收集与审前调查
接收并登记被审计单位送达的资料，如项目名称、送达时间、联系人及电话、送审金额、初审情况等。
由审计组长进行审前调查，填写项目信息表，并制作审前调查报告或记录。
审计准备
主审制定审计方案，可以采用表格式或文本式。
主审负责草拟审计通知书，包括承诺书、提供资料清单、审计公示、廉洁反馈单等，并由分管局长签发。
审计实施
对组织审计的项目，工程主审需对审计程序、质量、进度等进行跟踪检查。
外聘人员与施工单位核对前，需将初审情况告知工程主审，并由工程主审与被审计单位在审计局指定地点进行核对。现场测量结果应形成书面勘察记录。
对审计异议问题，科室负责人召集审计组商议，并请分管领导参加，形成一致意见的应形成业务会议纪要。与建设、施工等相关单位沟通协调的，应形成协调会议纪要。
工程核定单经登记后，由审核人签字，建设、施工单位签字盖章后，送审计局，复核、批准、盖章后生效。
现场审核
踏勘项目现场，结合现场实际与资料进行比对，形成书面记录，并由相关责任单位的代表签字确认。
核对
被审计单位在自我核实后，需与审计单位就建设项目的量、价、费进行核对，并做好核对记录，相关责任单位的代表需及时在记录上签字确认。
出具审计报告
被审计单位在征求意见稿上签署同意后，审计单位即可出具正式的审计报告。
这些步骤确保了审计过程的系统性和完整性，旨在提供真实、准确的工程项目竣工结算资料，并为工程决算提供重要依据。