要处理GTF格式的文件，可以使用以下几种程序：
GTFtools：
这是一个用于解析和查询GTF文件的工具，支持多种GTF格式，并提供了一系列的命令行选项和工具来进行数据提取和分析。
GFFtools-GX：
这是一个功能强大的工具，可以用于处理GFF和GTF格式的文件，支持多种操作，包括格式转换、数据提取和可视化。
pyGTF：
这是一个Python库，用于解析GTF文件，可以方便地在Python脚本中处理GTF格式的数据。
AGAT （Another Gff Analysis Toolkit）：
这是一个用于处理GTF/GFF文件的工具，可以进行错误检查、修复和填充缺失信息，以创建完整和标准化的GFF3格式。
cufflinks：
这是一个用于基因组注释和序列提取的工具，内置了gffread程序，可以将GFF3文件转换为GTF文件。
gffread：
这是一个独立的命令行工具，用于读取和转换GFF和GTF格式的文件，支持多种操作，包括格式转换和数据提取。
根据你的具体需求，可以选择上述工具中的一个或多个来进行GTF文件的处理。例如，如果你需要将GFF3文件转换为GTF文件，可以使用`gffread`或`cufflinks`。如果你需要对GTF文件进行深入的数据分析，可以使用`GTFtools`或`GFFtools-GX`。